Η μεταφορά του Χ. Ξηρού έγινε μετά από εισαγγελική εντολή, με την συνοδεία ανδρών της Αντιτρομοκρατικής Υπηρεσίας, υπό δρακόντεια μέτρα ασφαλείας και υπό άκρα μυστικότητα, με το πλοίο της γραμμής.
Η επιβίβαση του Χριστόδουλου Ξηρού στο πλοίο, αλλά και η αποβίβασή του στο λιμάνι της Σούδας, έγινε μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας επιβίβασης – αποβίβασης των άλλων επιβατών, με ειδικό όχημα κλούβα και υπό το βλέμμα ισχυρών αστυνομικών δυνάμεων.
Το κατάστημα κράτησης «Κρήτη 1» είναι μία από τις πλέον καινούργιες φυλακές της χώρας και διαθέτει σύγχρονα μέσα ασφαλείας.