Σύμφωνα με το Βήμα, από την πρώτη εβδομάδα εκλογής της νέας κυβέρνησης άρχισαν να φτάνουν αρνητικά μηνύματα τα οποία μετέδιδαν ότι οι αρμόδιες κοινοτικές υπηρεσίες χρειάζονταν περισσότερο χρόνο για να εξετάσουν σε συστημική βάση τις οργανωτικές δομές του νέου ΕΣΠΑ.
«Πυρήνας» των ενστάσεων είναι μια ήσσονος σημασία λεπτομέρεια. Διασταυρωμένες πληροφορίες αναφέρουν ότι το 2011, έπειτα από έλεγχο της Επιτροπής Δημοσιονομικού Ελέγχου για λογαριασμό της Κομισιόν, κατεγράφησαν κάποιες οργανωτικές και λειτουργικές αστοχίες στις δομές του ΕΣΠΑ, που παρουσίαζαν αρρυθμίες.