Ο κίνδυνος ανάπτυξης λοιμωδών ασθενειών στη Θεσσαλία περιλαμβάνει και τον ιό του Δυτικού Νείλου, καθώς, σύμφωνα με τα δεδομένα του Αστεροσκοπείου Αθηνών, ο πληθυσμός των κουνουπιών αυξάνεται αρκετά εξαιτίας του μεγάλου όγκου στάσιμου νερού.
Ο όγκος του νερού που παραμένει στις πλημμυρικές περιοχές είναι ιδανικό περιβάλλον για την επώαση και τον πολλαπλασιασμό του κοινού κουνουπιού, που μεταφέρει τον ιό του Δυτικού Νείλου.
Στους δύο χάρτες που δημοσίευσε η ΕΡΤ και παρατίθενται κάτωθι, παρατηρείται η αντίθεση: o ένας καταγράφει την εκτίμηση κινδύνου πριν τις πλημμύρες, ενώ ο δεύτερος είναι επικαιροποιημένος, λαμβάνοντας υπόψιν τα δεδομένα μετά την πλημμύρα. Το 25% του συνόλου της Θεσσαλίας – και οι 4 νομοί – βρίσκονται στην υψηλή (κόκκινη) κατηγορία κινδύνου. Στις περιοχές με το πορτοκαλί και κόκκινο αναμένεται τουλάχιστον διπλασιασμός του πληθυσμού των κουνουπιών.
Εκτός κινδύνου παραμένουν τα μεγάλα υψόμετρα (μπλε-πράσινο χρώμα). Η εκτίμηση υψηλού κινδύνου αφορά, όπως φαίνεται από το χάρτη, μεγάλα αστικά κέντρα της Θεσσαλίας όπως η Λάρισα, περιοχές κοντά στο Βόλο και τις κωμοπόλεις, Ελασσόνα, Τύρναβος, πόλεις οι οποίες πριν την πλημμύρα αντιμετώπιζαν χαμηλό κίνδυνο από υπερπληθυσμό κουνουπιών.